Otcom mikroskopie je Anton van Leeuwenhoek, holandský obchodník a vedec, ktorý je známy najmä svojou priekopníckou prácou v oblasti mikroskopie a objavmi mikroorganizmov. Ako prvý pozoroval a opísal baktérie, prvoky, spermie a iné mikroskopické organizmy. Leeuwenhoek vyrábal vlastné mikroskopy brúsením a leštením drobných sklenených guľôčok, ktorými dosahoval až 270-násobné zväčšenia. Spravil podrobné nákresy a opisy svojich pozorovaní, ktoré uverejnil v sérii listov Kráľovskej spoločnosti v Londýne. Jeho práca položila základ pre oblasť mikrobiológie a mala hlboký vplyv na naše chápanie prírodného sveta.