Počas celého románu sa Jim a jeho priatelia, vrátane doktora Liveseyho a panoša Trelawneyho, vydávajú na nebezpečnú cestu, aby našli poklad pred Silverovou posádkou. Konflikt sa zintenzívňuje, keď čelia rôznym prekážkam vrátane búrok, zradného terénu a konfrontácií s pirátmi. Konečný stret nastane, keď sa piráti vzbúria a pokúsia sa prevziať kontrolu nad loďou, čo vedie k vrcholnej bitke medzi Jimom a jeho spojencami proti Silverovi a jeho mužom.
Vo svojom jadre je konflikt na „Ostrove pokladov“ poháňaný honbou za bohatstvom a chamtivosťou, ako aj bojom o moc a kontrolu. Motivácie a túžby postáv ich stavajú do rozporu a vytvárajú napätie a napätie, ako sa príbeh odvíja. Okrem toho konflikt zdôrazňuje tému dobra proti zlu, keďže Jim a jeho priatelia predstavujú čestnosť a lojalitu, zatiaľ čo Silver a jeho tím stelesňujú klamstvo a zradu.