V roku 1989 sa Christian Brando postavil pred súd v Los Angeles, aby čelil obvineniu z vraždy. Bol súdený a odsúdený za to, že v roku 1990 zbil na smrť Daga Drolleta a bol odsúdený na 10 rokov väzenia. Drollet bol priateľom Brandovej nevlastnej sestry Cheyenne.
Po usvedčení z vraždy Brandov život naďalej klesal do zneužívania drog a sebazničenia. Vo väzbe zostal až do roku 1996, keď bol predčasne prepustený po odpykaní si menej ako polovice 10-ročného trestu.
V januári 2005 bol Brando opäť zatknutý, tentoraz za údajnú krádež šperkov v hodnote 2 milióny dolárov svojej vlastnej matke. Obvinenia proti nemu boli neskôr zrušené.
Koncom roku 2006 bol Christian Brando hospitalizovaný po tom, čo utrpel pľúcnu infekciu. Následne mu diagnostikovali zápal pľúc a previezli ho do UCLA Medical Center v Los Angeles v Kalifornii.
Christian Brando zomrel 26. januára 2008 v UCLA Medical Center vo veku 49 rokov. Príčinou smrti bol zápal pľúc a komplikácie zo zlyhania pečene.
Brandova smrť vo veku 49 rokov znamenala smutný a tragický koniec života, ktorý mohol byť naplnený toľkými sľubmi a potenciálom. Namiesto toho to bol život tragicky prerušený závislosťou a násilím.