Degradácia organických materiálov: Hudobné nástroje a iné predmety súvisiace s hudbou, ako sú bubny, flauty a hrkálky, sú často vyrobené z organických materiálov, ktoré sa časom rozkladajú. To sťažuje hľadanie a štúdium týchto artefaktov.
Kultúrne zmeny a migrácie: Ako sa kultúry vyvíjajú a migrujú, menia sa aj ich hudobné tradície. To sťažuje sledovanie vývoja hudby v čase, najmä keď je nedostatok písomných záznamov.
Obmedzenia archeologických dôkazov: Archeologické vykopávky môžu poskytnúť určitý pohľad na hudobné praktiky raných kultúr, ako napríklad objavenie hudobných nástrojov alebo zobrazenie hudobníkov v umení. Tieto zistenia však môžu byť kusé a nemusia poskytnúť úplný obraz o ich hudobných tradíciách.
Subjektívne interpretácie: Pri interpretácii archeologických dôkazov alebo historických správ môžu výskumníci subjektívne posúdiť význam a význam týchto nálezov. To môže viesť k rôznym interpretáciám a nezhodám medzi učencami.
Utajenie a exkluzivita: Niektoré hudobné praktiky mohli byť utajené alebo obmedzené na určité skupiny ľudí v rámci spoločnosti, čo sťažovalo cudzincom, aby sa o nich dozvedeli.