Vražda v Orient Expresse sa ponára do témy identity a jej zložitosti. Román predstavuje niekoľko postáv s rôznym zázemím, kultúrami a programami, z ktorých každá skrýva skrytú identitu alebo nesie tajomstvá. Detektív Poirot sa musí pozrieť za povrch, aby zistil skutočné postavy a motiváciu cestujúcich.
Významnú úlohu v príbehu zohráva aj téma spravodlivosti. Poirot sa snaží nielen vyriešiť zločin, ale aj zabezpečiť spravodlivosť. Cestujúci čelia etickej dileme, keď sa spoja, aby rozhodli o vrahovom osude. Musia sa rozhodnúť, či budú dodržiavať prísne zákonné postupy alebo vziať veci do vlastných rúk, aby dosiahli zmysel pre spravodlivosť, ktorý považujú za nevyhnutný.
Román vyvoláva zaujímavé otázky o zložitosti ľudskej identity, nejednoznačnosti morálky a hľadaní pravdy a spravodlivosti.