Príbeh začína tým, že Ben dostáva vodítko vo forme vintage medailú s kryptickou správou. To ho vedie na dobrodružstve, ktoré trvá na svete v celej Európe, kde musí dešifrovať historické artefakty a nájsť kľúč k skrytému trezoru slobodomurárov.
Po ceste sa k nemu pripojil jeho partner Riley Poole a jeho otec Patrick Gates, ktorý sa neochotne zapojil do hľadania. Čelia neustálej opozícii od Iana Howeho, konkurenčného lovca pokladov, ktorý hľadá tú istú cenu, a prefíkanej a tajomnej ženy menom Abigail, ktorá tvrdí, že má vlastné dôvody pre hľadanie pokladu.
Cesta ich vedie na miesta ako Londýn, Paríž a Veľká čínska múr, keď sa rozpadajú stopy skryté v historických dokumentoch a pamiatkach. Film obsahuje vzrušujúce vyvrcholenie, kde musí Ben závodiť s časom, aby našiel poklad a vyčistil meno svojho otca.
V konečnom dôsledku je „National Treasure:Book of Secrets“ zábavné, akčné dobrodružstvo, ktoré spája historickú intríg s humorom a srdcom. Pokračuje v dedičstve prvého filmu a ponúka podmanivé tajomstvo, ktoré umožňuje divákom zasnúbiť sa až do samého konca.