V románe je Fantóm zdeformovaný muž, ktorý nosí masku, aby skryl svoju tvár. Žije v katakombách pod operou a využíva svoju hudobnú genialitu na ovládanie operných spevákov a kulisákov. Fantóm sa zamiluje do mladej sopranistky Christine Daaé a stane sa ňou posadnutý. Unesie ju a vezme do svojho brlohu v katakombách. Christine nakoniec utečie z Fantóma, ktorý zmizne v noci.
Osud Fantóma je v románe ponechaný nejednoznačný. V pôvodnej francúzskej verzii románu sa hovorí, že Fantóm sa obesil v katakombách. V anglickom preklade sa však hovorí, že Fantóm zmizol v parížskych stokách.