Vyvrcholenie: X-Men spolu so svojimi spojencami konfrontujú Sebastiana Shawa a jeho tím zmutovaných zloduchov v konečnom zúčtovaní na palube jadrovej ponorky. Erik Lehnsherr (Magneto) sa spočiatku snaží pomstiť za zverstvá spáchané na mutantoch, pričom hrozí, že použije jadrové strely ponorky na zničenie sveta.
Zlomový bod: Charles Xavier (profesor X) zasahuje, apeluje na Erikovu ľudskosť a pripomína mu, že ich skutočným cieľom je chrániť mutantov, nie zničiť ľudstvo. Tento moment spojenia dvoch priateľov obracia priebeh bitky.
Víťazstvo: X-Menom sa s pomocou Moiry MacTaggertovej podarí odzbrojiť rakety a poraziť Shawa a jeho tím.
Horkosladký koniec: Zatiaľ čo si zabezpečili dočasné víťazstvo, film končí melancholickou nôtou:
* Erikova zrada: Erik, napriek tomu, že ho Charlesove slová ovplyvnili, sa stále cíti hlboko zranený prenasledovaním mutantov a odchádza, aby začal svoju vlastnú cestu, čo naznačuje potenciálny budúci konflikt s Charlesom a X-Men.
* Karlova vina: Charlesovi z Erikovho odchodu trhá srdce a nesie bremeno vlastnej viny za tragédiu kubánskej raketovej krízy, ktorej nevedomky pomohol odvrátiť, no za cenu tisícov životov.
* Začína sa nová éra: Film končí vytvorením X-Men ako tímu, ktorý sa venuje ochrane ľudí aj mutantov, no s pocitom neistoty ohľadom budúcnosti a potenciálnej hrozby, ktorú predstavuje rastúca nevôľa Erika Lehnsherra.
Záver zanecháva pretrvávajúcu otázku: Zostanú Erik a Charles na opačných stranách, alebo nájdu spôsob, ako preklenúť svoje rozdiely? Táto otázka pripravuje pôdu pre budúcnosť franšízy X-Men.