Počas vojny boli Yahiko, Nagato a Konan svedkami hrôz vojny a rozhodli sa, že jedného dňa vytvoria svet bez vojen a bolesti. Vytvorili Akatsuki, organizáciu zameranú na dosiahnutie mieru akýmikoľvek potrebnými prostriedkami.
Spočiatku bola Akatsuki malá organizácia, ktorá sa zameriavala na pomoc malým dedinám a krajinám, ktoré boli zasiahnuté vojnou. Ako však organizácia rástla na moci a vplyve, začala priťahovať pozornosť väčších shinobi dedín. Dediny začali vnímať Akatsuki ako hrozbu a začali proti organizácii konať.
V dôsledku tlaku z dedín sa Akatsuki začali meniť. Stalo sa viac militarizované a začalo sa zameriavať skôr na získanie moci ako na dosiahnutie mieru. Organizácia začala verbovať zločincov s hodnosťou S a vo svojich metódach bola čoraz bezohľadnejšia.
Nakoniec bol Akatsuki porazený Narutom Uzumakim a jeho priateľmi a jeho členovia boli rozptýlení po celom svete. Odkaz Akatsuki však naďalej žije a zostáva symbolom nebezpečenstva extrémizmu.