* Nebezpečenstvo posudzovania podľa vzhľadu: Príbeh poukazuje na to, ako ľahko sa môžeme nechať zmiasť prvotnými dojmami. Čitateľ, podobne ako polícia, spočiatku podozrieva nevinného Charlesa McCarthyho podľa drsného vzhľadu a toho, že sa pohádal s otcom.
* Význam hľadania pravdy a spravodlivosti: Príbeh zdôrazňuje potrebu pozerať sa za povrchné úsudky a ponoriť sa do pravdy, bez ohľadu na to, aké nepríjemné alebo nepohodlné to môže byť. Holmesovo metodické vyšetrovanie odhaľuje skutočného vinníka a ukazuje, že spravodlivosť nemožno dosiahnuť predpokladmi.
* Dôsledky chamtivosti a sebectva: Príbeh ukazuje, ako môže nekontrolovaná chamtivosť a sebectvo viesť k ničivým následkom. Vražda, vedená túžbou po dedičstve, podčiarkuje ničivú silu lakomstva.
* Krehkosť medziľudských vzťahov: Príbeh skúma zložité a často napäté vzťahy medzi otcami a synmi. Napätie medzi Charlesom a jeho otcom, ktoré vyvrcholí tragédiou, ukazuje zraniteľnosť rodinných zväzkov.
* Význam kritického myslenia a pozorovania: Holmesov úspech pri riešení záhady spočíva v jeho schopnosti precízne pozorovať detaily a analyzovať dôkazy. Povzbudzuje čitateľa, aby premýšľal kriticky a neprijímal zdanie za nominálnu hodnotu.
Záhada Boscombe Valley nakoniec slúži ako pripomienka, že zdanie môže klamať a že skutočná spravodlivosť si vyžaduje starostlivé vyšetrovanie a ochotu spochybňovať domnienky. Zdôrazňuje dôležitosť hľadania pravdy a spravodlivosti, aj keď je to nepríjemné, a dôsledky, keď dovolíme chamtivosti a sebectvu zatemniť náš úsudok.