1. Vládne sprisahanie :Bourne bol pôvodne vysoko trénovaný vrah CIA známy ako "David Webb." Po nečestnej operácii však utrpel amnéziu a stal sa civilistom bez pamäti na svoju minulosť. CIA a ďalšie vládne agentúry sa ho snažia odstrániť, aby zakryli tajomstvá programu Treadstone, tajného projektu čiernych operácií, ktorý vytvoril Bournea a ďalších vrahov, ako je on.
2. Blackbriar :Blackbriar je nástupníckou organizáciou Treadstone, ktorú vytvorili bývalí predstavitelia CIA. Chcú ovládať Bournea a využiť jeho schopnosti na vlastné tajné operácie. Bourne sa však stáva hrozbou pre ich plány pre svoju nezávislú povahu a riziko odhalenia ich aktivít.
3. Kirill a ruská vláda :V niektorých prípadoch sa Bournove činy dostanú do konfliktu so záujmami ruskej vlády, konkrétne postavy Kirilla. Kirill je vysoký ruský spravodajský dôstojník, ktorý sa chce Bournovi pomstiť za minulé činy, ktoré zahŕňali smrť blízkych. Bournea považuje za osobného nepriateľa a snaží sa ho odstrániť.
4. Osobné nepriateľstvo :Keď Bourne odhaľuje pravdu o svojej minulosti a konšpiráciách, ktoré ho obklopujú, stretáva jednotlivcov, ktorí si proti nemu vypestujú osobnú pomstu. Títo jednotlivci môžu byť bývalí kolegovia alebo nepriatelia, ktorí sa cítia zradení alebo ukřivdení Bourneovými činmi, čo ich motivuje k pomste.
Je dôležité poznamenať, že dôvody, prečo chcete zabiť Bournea, sa líšia v závislosti od konkrétnych dejových línií kníh alebo filmov zo série Bourne a nie všetky tieto dôvody môžu byť prítomné v každom príbehu.