* CGI: Väčšina 3D prostredí, postáv a špeciálnych efektov bola vytvorená pomocou kombinácie softvéru. Medzi najvýznamnejšie patria:
* Maya: Maya, ktorá je široko považovaná za priemyselný štandard pre 3D animáciu a modelovanie, pravdepodobne zohrala významnú úlohu pri vytváraní zložitých prostredí a postáv filmu.
* Softimage: Ďalší výkonný 3D animačný softvér, Softimage, bol použitý pre svoje robustné nástroje na animáciu postáv a možnosti manipulácie.
* ZBrush: ZBrush, známy svojimi schopnosťami digitálneho vyrezávania, sa pravdepodobne používal na vyrezávanie a detailovanie modelov postáv s vysokým rozlíšením.
* Tradičná animácia: Film tiež integroval prvky tradičnej animácie, najmä pre sekvencie, kde bol požadovaný výraznejší a ručne kreslený štýl. Pravdepodobne išlo o softvér ako:
* Toon Boom Harmony: Populárny 2D animačný softvér, ktorý umožňuje kombináciu tradičných a digitálnych animačných techník.
Je dôležité poznamenať, že: Špecifický softvér použitý pre „Alenku v krajine zázrakov“ nie je v produkčných titulkoch výslovne uvedený. Tieto informácie sa vo všeobecnosti považujú za vlastníctvo štúdia a filmárov.
Vzhľadom na popularitu a možnosti softvéru v rámci odvetvia VFX je však opodstatnený predpoklad, že spomínané nástroje zohrali významnú úlohu pri oživení fantastického sveta filmu.