- Zlé námorníctvo: Drakeove rané plavby boli poznačené zlým námorníckym umením a neuváženými rozhodnutiami, ktoré viedli k strate niekoľkých lodí a členov posádky.
- Nedostatok skúseností: Drake mal málo skúseností s vedením veľkej flotily lodí a jeho posádky boli často neskúsené a nedisciplinované.
- Zlé počasie: Drakeove plavby často sužovalo nepriaznivé počasie, vrátane búrok a hmly, čo robilo navigáciu a plavbu nebezpečnou.
- Choroba: Choroba bola neustálou hrozbou pre Drakeove posádky a mnoho námorníkov zomrelo na skorbut, úplavicu a iné choroby.
- Nepriateľskí domorodci: Drake sa stretol s nepriateľskými domorodými kmeňmi v mnohých častiach sveta a často bol nútený bojovať, aby bránil svoje lode a posádky.
- Španielske vojnové lode: Španieli boli Drakeovým hlavným nepriateľom a vyslali niekoľko vojnových lodí, aby ho prenasledovali a zničili jeho flotilu.