2. Stacionárna fáza :Pri gélovej elektroforéze je stacionárnou fázou gél (agaróza alebo polyakrylamid), zatiaľ čo pri papierovej chromatografii je stacionárnou fázou list savého papiera.
3. Oddelenie látok :Rozdiel v rýchlostiach pohybu cez stacionárne fázy oddeľuje látky v oboch technikách.
4. Vizualizácia :Po separácii sa látky vizualizujú pomocou vhodných metód farbenia alebo detekcie.