Zatiaľ čo Master Ball je základom vo väčšine hier Pokémon, výrazne chýba v Pokémon Colosseum a jeho pokračovaní, Pokemon XD:Gale of Darkness. Toto rozhodnutie bolo pravdepodobne urobené s cieľom zdôrazniť zameranie hry na zajatie Pokémonov pomocou systému „Snap“, ktorý zahŕňa skôr oslabenie odhodlania Pokémonov, než ich jednoducho vyradiť.
Absencia Master Ballu v Colosseu a XD pridáva hre na jedinečnej výzve a povzbudzuje hráčov, aby zvládli umenie zajatia Pokémonov bez pomoci tohto prekonaného predmetu.