Je však dôležité pochopiť, že aj tí najbrilantnejší umelci majú svoje obmedzenia a výzvy. Niektoré aspekty, ktoré by sa dali považovať za „zlyhania“ alebo slabiny v Raphaelovej práci, hoci sa o nich medzi historikmi umenia často diskutuje, zahŕňajú:
* Obmedzené zameranie na emócie a realizmus: V porovnaní s Michelangelom Raphaelovým postavám často chýba emocionálna hĺbka a psychologická komplexnosť, ktoré charakterizujú tvorbu florentského majstra. Niektorí kritici tvrdia, že Raphael uprednostňoval idealizovanú krásu a harmóniu pred emocionálnym realizmom.
* Závislosť na asistentoch: Raphaelovo štúdio bolo známe svojim veľkým tímom asistentov a niektorí kritici tvrdia, že to viedlo k nezrovnalostiam v jeho práci, najmä v neskorších rokoch. Zatiaľ čo Raphaelov dohľad a vedenie boli evidentné, diskutuje sa o tom, či celková umelecká vízia bola vždy jeho vlastná.
* Kontroverzia „Transfigurácia“: Raphaelov posledný obraz „Premena“ bol dokončený posmrtne v jeho ateliéri. Zatiaľ čo kompozícia a koncept sa pripisujú Raphaelovi, predpokladá sa, že poprava zahŕňala viacero rúk. To viedlo k diskusii o tom, do akej miery konečné dielo odráža skutočné Raphaelove zámery.
Je dôležité si uvedomiť, že tieto aspekty nie sú zlyhaniami v zmysle umeleckej neschopnosti. Sú to skôr obmedzenia alebo oblasti, v ktorých sa Raphaelov umelecký prístup líšil od prístupu jeho súčasníkov alebo kde výzvy jeho doby ovplyvnili jeho prácu.
Je plodnejšie oceniť Raphaelove triumfy, jeho neuveriteľnú schopnosť zachytiť krásu, pôvab a harmóniu vo svojej práci a jeho trvalý vplyv na dejiny umenia. Jeho dedičstvom je mimoriadna zručnosť, umelecká brilantnosť a trvalý vplyv.