Jednou z najzreteľnejších čŕt hry, ktorá vyvoláva otázky o náboženskej tolerancii, je zobrazenie Shylocka, židovského úžerníka. Shylock je zobrazený ako krutý a chamtivý muž, ktorý je posadnutý peniazmi a snaží sa pomstiť Antoniovi, kresťanskému obchodníkovi, ktorý mu ublížil. Stelesňuje mnohé negatívne stereotypy, ktoré prevládali o Židoch v Shakespearových časoch, a jeho postava bola často interpretovaná ako antisemitská.
Na druhej strane sú v hre momenty, ktoré spochybňujú tieto stereotypy a problematizujú myšlienku náboženských predsudkov. Napríklad sám Antonio bojuje so svojimi predsudkami voči Židom a jeho zaobchádzanie so Shylockom ukazuje zmes opovrhnutia a sympatií. Portia, hrdinka hry, argumentuje dôležitosťou milosrdenstva a odpustenia a nakoniec presvedčí Shylocka, aby Antoniovi prejavil milosrdenstvo. Túto scénu čítalo mnoho kritikov ako výzvu k tolerancii a porozumeniu.
Ďalší pohľad na postoj hry k náboženskej tolerancii je ten, že jednoducho odráža spoločenskú a kultúrnu realitu Shakespearovej doby. Antisemitizmus bol hlboko zakorenený v kresťanskej spoločnosti Európy a pre Shakespeara by bolo ťažké prezentovať tolerantnejší názor bez toho, aby riskoval cenzúru alebo odcudzenie svojho publika. Hru teda možno považovať skôr za produkt svojej doby než za odraz Shakespearovho vlastného presvedčenia.
Celkovo je Kupec benátsky komplexnou a nuansovanou hrou, ktorá ponúka viaceré pohľady na náboženskú toleranciu a predsudky. Hoci obsahuje niektoré antisemitské prvky, predstavuje aj momenty súcitu a porozumenia, ktoré nám komplikujú čítanie posolstva hry. Nakoniec hra vyzýva divákov, aby zvážili zložitosť náboženských rozdielov a kriticky preskúmali svoje vlastné predsudky.