Metódy výskumu používať etnografiu aj hudobný prepis a analýzu a zahrnúť prácu v teréne a rozhovory s informátormi. Niektorí etnomuzikológovia tiež hrajú hudbu, ktorú študujú, zatiaľ čo iní sa zameriavajú viac na analýzu a interpretáciu.
Práca v teréne umožňuje etnomuzikológom ponoriť sa do hudby a kultúry ľudí, ktorých študujú, čo im umožňuje hlbšie pochopiť úlohu, ktorú hudba zohráva v ich živote.
Keďže kultúry a hudobné praktiky sa neustále menia, etnomuzikológovia často zbierajú zvukové a obrazové nahrávky, prepisujú a analyzujú hudobné vystúpenia, vytvárajú hudobné nástroje, skladajú a aranžujú hudbu a výsledky svojho výskumu dokumentujú v knihách, článkoch a iných publikáciách.