Flauta má tiež kľúčový systém, ktorý umožňuje hráčovi ľahko a rýchlo otvárať a zatvárať tónové otvory. Tento kľúčový systém pozostáva zo série pák a tyčí, ktoré sú spojené s tónovými otvormi. Po stlačení klávesu sa otvorí príslušný tónový otvor a po uvoľnení klávesu sa príslušný tónový otvor zatvorí.
Zmenou dĺžky vzduchového stĺpca a otváraním a zatváraním tónových otvorov môže flautista produkovať širokú škálu nôt. Najnižší tón, ktorý môže flauta vytvoriť, je C pod stredným C a najvyšší tón, ktorý môže flauta vytvoriť, je C tri oktávy nad stredným C.