Niektoré z piesní Slayer, ktoré sú kritické voči kresťanstvu, zahŕňajú „Angel of Death“, „South of Heaven“ a „Raining Blood“. Tieto piesne obsahujú texty, ktoré sú kritické voči Katolíckej cirkvi, Biblii a koncepcii Boha. Je však dôležité poznamenať, že tieto piesne nie sú myslené doslovne a že sú jednoducho formou umeleckého vyjadrenia.
Hudbu Slayer kritizovali niektoré náboženské skupiny, ktoré veria, že podporuje násilie a nenávistné prejavy. Kapela však svoju hudbu obhajovala a tvrdila, že ju chráni prvý dodatok ústavy Spojených štátov amerických.
Celkovo je Slayer kontroverznou kapelou, ktorá bola kritizovaná za svoje protikresťanské témy. Samotní členovia kapely však vyhlásili, že nie sú protikresťanskí a že ich hudbu netreba brať vážne.