Hlavní antagonisti:
* Magneto: Najikonickejší X-Men darebák, Magneto je mocný mutant so schopnosťou manipulovať s magnetizmom. Verí, že mutanti sú nadradení ľuďom a mali by vládnuť svetu, pričom sa často stretávajú so snom profesora X o mierovom spolužití.
* Apokalypsa: Apocalypse, mocný starodávny mutant so schopnosťou absorbovať sily iných, sa snaží vyčistiť svet a vytvoriť nový poriadok so sebou samým ako jeho vládcom.
* Sabertooth: Divoký a brutálny mutant s vylepšenými zmyslami, nadľudskou silou a regeneračnými schopnosťami, Sabertooth je neúprosný predátor a zaprisahaný nepriateľ Wolverina.
* Mystique: Mystique, majsterka v pretváraní a klamaní, je zručná špiónka a vrahyňa, ktorá často operuje v tieni. Má zložitý vzťah s X-Men, niekedy pôsobí ako spojenec a inokedy ako neľútostný nepriateľ.
* Bratstvo mutantov: Skupina mutantov vedená Magnetom, ktorý verí, že ľudia sú nepriateľmi a mutanti musia vládnuť. Táto skupina v priebehu rokov zahŕňala mnohých členov vrátane Toad, Pyro a Blob.
Iní významní protivníci:
* Pán Zlovestný: Brilantný, ale nemilosrdný genetik posadnutý manipuláciou mutantnej evolúcie.
* Juggernaut: Nezastaviteľná sila prírody s nesmiernou silou a nezraniteľnosťou.
* The Sentinels: Výkonné roboty určené na lov a ničenie mutantov.
* The Hellfire Club: Exkluzívna a silná organizácia, ktorá sa snaží ovládať mutantné sily pre svoje vlastné účely.
* William Stryker: Vojenský vodca, ktorý verí, že mutanti sú hrozbou pre ľudstvo a snaží sa ich odstrániť.
Organizácie:
* AIM (pokročilá mechanika nápadov): Vedecká organizácia, ktorá často fušuje do nebezpečných technológií a pri niekoľkých príležitostiach sa stretla s X-Men.
* Hydra: Globálna teroristická organizácia s históriou snahy o kontrolu mutantných síl.
* Čističky: Fanatická skupina ľudí, ktorí veria, že mutanti sú morom na svete.
Je dôležité poznamenať, že X-Men čelili počas svojej dlhej histórie mnohým iným protivníkom, no toto sú niektorí z najpozoruhodnejších a opakujúcich sa nepriateľov. Nepriatelia X-Men odrážajú zložité témy predsudkov, strachu a boja za rovnosť, ktoré sú pretkané celou franšízou.