1. Super Junior-K.R.Y.:Táto podjednotka pozostáva z troch členov – Kyuhyun, Ryeowook a Yesung. Sú známi svojimi oduševnenými baladami a silným vokálom.
2. Super Junior-T:Táto podskupina propaguje v Thajsku a skladá sa z členov Leeteuk, Heechul, Shindong, Sungmin a Eunhyuk. Hrajú piesne v thajčine aj kórejčine.
3. Super Junior-M:Táto podjednotka je primárne aktívna v Číne a pozostáva z členov Hangeng (bývalý člen), Siwon, Donghae, Ryeowook, Kyuhyun a Zhou Mi. Hrajú piesne v mandarínskej čínštine.
4. Super Junior-H:Táto podjednotka je známa svojou klusovou hudbou. Pozostáva z členov Leeteuk, Yesung, Kangin, Shindong, Sungmin a Eunhyuk. Klus je tradičný kórejský hudobný žáner, ktorý sa vyznačuje rýchlym tempom a veselými rytmami.
5. Super Junior-D&E:Toto duo tvoria členovia Donghae a Eunhyuk. Sú známi svojou chytľavou elektronickou tanečnou hudbou a energickými vystúpeniami.
6. Super Junior-Happy:Táto podjednotka je charakteristická svojou jasnou a veselou hudbou. Pozostáva z členov Yesung, Shindong, Sungmin a Leeteuk.
Tieto podskupiny umožňujú Super Junior skúmať rôzne hudobné štýly a koncepty a zároveň predvádzať talenty a silné stránky rôznych členov.