Vedomá myseľ je úzko spojená s prefrontálnym kortexom, oblasťou mozgu, ktorá sa podieľa na kognitívnych funkciách vyššieho rádu, ako je pozornosť, plánovanie, rozhodovanie a sebakontrola. Prefrontálny kortex je tiež zodpovedný za našu schopnosť uvažovať, myslieť abstraktne a robiť úsudky.
Vedomá myseľ neustále interaguje s podvedomím, čo je časť mysle, ktorá funguje mimo nášho vedomého vedomia. Podvedomie je zodpovedné za automatické procesy, ako je dýchanie, trávenie a regulácia srdcovej frekvencie, ako aj za ukladanie našich spomienok, návykov a naučeného správania.
Vedomá myseľ a podvedomie spolupracujú pri formovaní našich myšlienok, pocitov a činov. Vedomá myseľ je zodpovedná za naše zámerné a vedomé činy, zatiaľ čo podvedomie ovplyvňuje naše správanie a reakcie spôsobmi, ktoré si nie vždy uvedomujeme.