Zosilňovače:Sú to sekvencie DNA, ktoré viažu transkripčné faktory a podporujú transkripciu blízkych génov. Napríklad zosilňovač v lokuse ťažkého reťazca imunoglobulínu je zodpovedný za vysokú úroveň expresie týchto génov v B bunkách.
Promótory:Sú to sekvencie DNA, ktoré viažu RNA polymerázu a iniciujú transkripciu génov. Napríklad promótor v géne ľudského rastového hormónu je zodpovedný za expresiu tohto génu v hypofýze.
Tlmiče:Sú to sekvencie DNA, ktoré viažu transkripčné faktory a potláčajú transkripciu blízkych génov. Napríklad tlmič v ľudskom géne β-globínu je zodpovedný za represiu tohto génu v neerytroidných bunkách.
Transakčné sekvencie:
Transkripčné faktory:Sú to proteíny, ktoré sa viažu na cis-pôsobiace sekvencie a regulujú transkripciu génov. Napríklad transkripčný faktor Oct-1 sa viaže na oktamérový motív v zosilňovači ťažkého reťazca imunoglobulínu a podporuje transkripciu týchto génov v B bunkách.
RNA polymeráza:Ide o proteínový komplex, ktorý sa viaže na promótory a prepisuje gény do RNA.
Iné regulačné proteíny:Sú to proteíny, ktoré sa viažu na cis-pôsobiace sekvencie a rôznymi spôsobmi regulujú transkripciu génov. Napríklad proteín CTCF sa viaže na motív CCCTC v ľudskom géne β-globínu a pomáha organizovať chromatínovú štruktúru tejto oblasti, ktorá je nevyhnutná na represiu génu v neerytroidných bunkách.