* Verzia hry: Rôzne hry majú rôznych bossov a krivky obtiažnosti.
* Úroveň hráčskych zručností: Skúsený hráč nájde niektorých bossov ľahšie ako iných, bez ohľadu na všeobecnú náročnosť.
* Zloženie tímu: Silné a slabé stránky vášho pokémonského tímu drasticky ovplyvnia to, ako sa vám darí proti určitým bossom.
Niektorí šéfovia sa však neustále uvádzajú ako mimoriadne náročné výzvy:
Z hlavnej série (Červená, Modrá, Záchranný tím atď.):
* Darkrai (Super Mystery Dungeon): Darkrai, známy svojimi silnými útokmi temného typu a schopnosťou manipulovať s bojiskom, predstavuje impozantnú výzvu.
* Groudon/Kyogre (Prieskumníci času/Temnoty/Neba): Títo legendárni pokémoni sú silní vo svojich príslušných typoch a môžu byť ohromujúci pre nepripravené tímy.
* Mewtwo (Brány do nekonečna): Mewtwo je silný Pokémon psychického typu, známy svojou vysokou útočnou silou a schopnosťou naučiť sa širokú škálu pohybov.
* Rayquaza (Super Mystery Dungeon): Rayquaza, výkonný drak/lietajúci typ s vysokými štatistikami a prístupom k škodlivým pohybom, je ťažkým súperom aj pre skúsených hráčov.
* Giratina (Super Mystery Dungeon): Tento legendárny Pokémon je známy svojimi vysokými štatistikami a prístupom k škodlivým pohybom, čo z neho robí výzvu pre mnohých hráčov.
Z vedľajších hier (Mystery Dungeon:Rescue Team DX atď.):
* Veľký kráľ (Záchranný tím DX): Tento šéf je obrie, mnohohlavé zviera so silnými útokmi a obrovským bazénom zdravia, čo z neho robí skutočný test odolnosti.
* The Darkness (Rescue Team DX): Táto tajomná, temná bytosť je impozantným súperom, ktorý spochybňuje hráčove pochopenie herných mechanizmov a vyžaduje dobre pripravený tím.
Nakoniec, najťažší šéf pre vás bude závisieť od vašich individuálnych skúseností a herného štýlu. Vyššie spomenutí bossovia sú však všeobecne považovaní za najnáročnejších v sérii a ponúkajú skutočnú výzvu aj pre skúsených hráčov Pokemon Mystery Dungeon.