Mučiareň sa nachádzala v suteréne veže a pozostávala zo série malých tmavých ciel. Každá cela bola vybavená rôznymi zariadeniami na mučenie vrátane stojanov, bičov a skrutiek. Väzni boli často vyzlečení a podrobení hodinám mučenia v snahe získať priznanie alebo informácie o ich náboženskom presvedčení.
Niektoré z najbežnejších metód mučenia používaných v Torre de la Inquisición zahŕňali:
- Stojan: Väzeň bol priviazaný k drevenému rámu a naťahovaný, kým sa im nevykĺbili kĺby.
- Bič: Väzeň bol bičovaný bičom vyrobeným z kože alebo kovových tyčí.
- Skrutky: Väzňove palce boli rozdrvené medzi dvoma kovovými skrutkami.
- Vodná liečba: Väzeň bol nútený vypiť veľké množstvo vody, kým nezvracal alebo sa neutopil.
- Požiar: Väzeň bol spálený horúcim uhlím alebo fakľami.
Torre de la Inquisición bolo brutálne a desivé miesto a mnohí z väzňov, ktorí tam boli mučení, zomreli na následky zranení. Mučiareň bola nakoniec v 18. storočí zatvorená, no zostáva mrazivou pripomienkou temnej histórie španielskej inkvizície.