Brunov otec je povýšený na veliteľa Osvienčimu a rodina sa presťahuje do koncentračného tábora. Bruno je zmätený a rozrušený zmenami v jeho živote. Nechápe, prečo musí opustiť svojich priateľov a domov, a nechápe, čo sa deje s ľuďmi v koncentračnom tábore.
Bruno sa stretáva so Shmuelom.
Jedného dňa Bruno skúma areál koncentračného tábora, keď na druhej strane plota uvidí mladého chlapca. Chlapec má na sebe pruhované pyžamo a vyzerá veľmi smutne. Bruno sa začne s chlapcom rozprávať a stanú sa z nich priatelia. Shmuel rozpráva Brunovi o svojom živote v koncentračnom tábore a Bruno začína chápať hrôzy toho, čo sa deje.
Bruno sa vkradne do koncentračného tábora.
Jedného dňa sa Bruno rozhodne vplížiť sa do koncentračného tábora, aby navštívil Shmuela. Oblečie si pruhované pyžamo a preplíži sa cez plot. Bruno nájde Shmuela a strávia spolu deň. Hrajú hry, rozprávajú sa a smejú sa. Bruno si uvedomuje, že aj v najtemnejších časoch stále existuje nádej.
Bruno a Shmuel sú zabití.
Nasledujúci deň Bruna a Shmuela chytia nacisti. Odvezú ich do izby a podajú smrtiacu injekciu. Bruno a Shmuel zomierajú spolu a ich telá sú spálené v krematóriu.
Chlapec v pruhovanom pyžame je silný a dojímavý príbeh o holokauste. Je to príbeh o priateľstve, nevinnosti a sile nádeje.