V tejto sérii sa hlavný hrdina Mikey Kudo a jeho priatelia prenesú do digitálneho sveta a spoja sa s partnermi Digimon. Avšak, namiesto toho, aby boli priamo transformované, stanú sa "fúzovanými" so svojimi Digimonmi, čo vedie k hybridnej forme človeka a Digimona nazývanej "Fusion Fighters". To im umožňuje využívať schopnosti Digimonov a bojovať po ich boku.
Séria skúma témy priateľstva, tímovej práce a prekonávania výziev pri navigácii v nebezpečenstvách digitálneho sveta.