Hlavné úlohy:
* Doogie Howser, M.D. (1989-1993): Jeho prelomová úloha ako zázračného lekára pre dospievajúcich.
* Ako som spoznal vašu matku (2005 – 2014): Hral očarujúci a milý Barney Stinson.
* Séria nešťastných udalostí (2017 – 2019): V tomto spracovaní temnej komédie stvárnil zlovestného grófa Olafa.
* Je to hriech (2021): Hral Henryho, priateľa hlavných postáv, v tejto uznávanej dráme o kríze AIDS v Londýne.
* Odpojené (2022 – súčasnosť): V súčasnosti hrá Michael Lawson, nedávno rozvedený muž, ktorý sa pohybuje na zoznamovacej scéne v New Yorku.
Opakujúce sa roly:
* Starship Troopers (1997): Objavil sa ako vojak vojak Carl Jenkins.
* Simpsonovci (2000): Hosťoval ako spievajúci čašník v epizóde "The Mansion Family".
* Americký otec! (2009 – súčasnosť): Vyjadruje postavu Steva Smitha.
* Teória veľkého tresku (2010 – 2019): Mal opakujúcu sa úlohu ako postava Barneyho Stinsona.
Vystúpenia hostí:
* The Muppets (1976-1981): Objavil sa v niekoľkých epizódach.
* Dr. Quinn, Medicine Woman (1993): Vystupoval ako mladý lekár.
* Západné krídlo (2000 – 2006): Hral úlohu hosťa v epizóde.
* Prehrané (2004 – 2010): Mal nezabudnuteľné hosťovanie ako tajomná postava.
* Glee (2009 – 2015): Hosťoval v niekoľkých epizódach ako veselý Bryan Ryan.
Toto nie je vyčerpávajúci zoznam, ale zahŕňa najvýznamnejšie televízne programy, na ktorých sa Neil Patrick Harris podieľal. Je známy svojou všestrannosťou a komediálnym načasovaním a naďalej hrá rôzne úlohy v rôznych žánroch.