Vedecké vyznamenania:
* Copleyho medaila (1874) :Udelené Kráľovskou spoločnosťou v Londýne, jedným z najprestížnejších vedeckých ocenení na svete, za prácu o fermentácii a teórii zárodkov chorôb.
* Rumfordova medaila (1874) :Ocenený Kráľovskou spoločnosťou v Londýne za výskum polarizácie svetla a jej aplikácií.
* Albertova medaila (1881) :Ocenený Royal Society of Arts za jeho prínos k verejnému zdraviu a prevencii chorôb.
* Rytier čestnej légie (1853) :Prestížne francúzske vyznamenanie udeľované jednotlivcom, ktorí významne prispeli k národu.
* Veľký kríž Čestnej légie (1881) :Najvyššia hodnosť Čestnej légie, uznanie Pasteurových výnimočných úspechov.
* Člen Francúzskej akadémie vied (1862) :Jedno z najvyšších vedeckých vyznamenaní vo Francúzsku.
* Zahraničný člen Kráľovskej spoločnosti (1869) :Pocta oceniť jeho prínos k vede mimo Veľkej Británie.
Ďalšie ocenenia:
* Cena Francúzskej akadémie vied (1856) :Ocenený za prácu o kvasení.
* Cena Parížskej akadémie vied (1862) :Ocenený za prácu o teórii zárodkov chorôb.
Okrem týchto špecifických ocenení získal Pasteur počas svojej kariéry aj množstvo ďalších vyznamenaní a uznaní, ktoré upevnili jeho odkaz jedného z najvplyvnejších vedcov 19. storočia.