Televízia:
* Muži sa správajú zle (1992-1998): Táto situačná komédia priniesla Clunesovi úspech v hlavnom prúde, kde hrá očarujúco nešťastného Garyho.
* Doktor Martin (2004 – doteraz): Snáď najikonickejšia rola Clunesa, hrajúceho drsného, no milého doktora v cornwallskom meste Portwenn.
* Reggie Perrin (2007-2009): Remake klasického britského sitcomu „Vzostup a pád Reggieho Perrina“.
* Veľký útek (2003): Dvojdielna miniséria, kde Clunes stvárnil Rogera Bushella.
* Jonathan Creek (2000 – 2016): Objavil sa v niekoľkých epizódach tejto záhadnej série ako najlepší priateľ hlavnej postavy, manžel Maddy.
* Veliteľ (1998-2000): Hral hlavnú úlohu veliteľa Jacka Harpera, dôstojníka kráľovského námorníctva.
* William a Mary (2003-2010): Vystupoval ako opakujúca sa postava, švagor titulnej postavy.
* The Palace (2008): Hral rolu člena kráľovskej rodiny v tomto satirickom komediálnom seriáli.
* Hunt na ľudí (2019): V tejto skutočnej kriminálnej sérii o zajatí Leviho Bellfielda stvárnil DCI Colina Suttona.
* Nos kráľovnej (2001): Vyjadrila sa postava hovoriaceho psa, "Kráľovný nos", v tomto seriáli pre deti.
Filmy:
* Tlkot srdca (1992): Clunes hrali vo filmovej verzii populárneho seriálu ITV.
* Jazerá (2000): Romantický thriller, kde Clunes hrá muža posadnutého ženou.
* Stroj času (2002): Hral úlohu Alexandra Hartdegena, vedca, ktorý cestuje do budúcnosti.
* Posledný detektív (2003): Detektívny triler podľa série románov od autora Michaela Connellyho.
* Tri a von (2011): Čierna komédia, kde Clunes hrá starnúceho futbalistu.
* The Legend of Barney Thomson (2015): Čierna komédia, kde Clunes hrá holiča, ktorý sa náhodou stane sériovým vrahom.
* SuperBob (2015): Hral mierneho muža, ktorý je nútený stať sa superhrdinom.
Toto nie je úplný zoznam, ale obsahuje niektoré z jeho najvýznamnejších a najznámejších projektov.