Je však známe, že v 15. storočí založil školu navigácie v Sagres v Portugalsku. Táto škola, ktorá nebola formálnou inštitúciou, ale skôr centrom učenia a experimentovania, zohrala rozhodujúcu úlohu pri rozvoji portugalského námorného prieskumu. Prilákala vedcov, navigátorov, kartografov a lodí, ktorí spolupracovali na zlepšení námorných techník a navrhovania lepších lodí.
Takže, zatiaľ čo princ Henry sa sám nezúčastnil školy, je mu pripisovaný založením navigačnej školy, čo bolo rozhodujúce pre vek prieskumu.