Španielska Armada bola obrovská flotila lodí, ktoré vyslal španielsky kráľ Filip II. na inváziu do Anglicka v roku 1588. Drake bol jedným z veliteľov anglickej flotily, ktorá porazila Armadu.
2. portugalské námorníctvo
Portugalské námorníctvo bolo ďalšou veľkou hrozbou pre Drakeove výpravy. Portugalsko bolo v tom čase mocnou námornou veľmocou a jeho námorníctvo bolo dobre vybavené a dobre vycvičené. Drake mal niekoľko stretnutí s portugalským námorníctvom a často bol v presile a presilovke.
3. Domorodí Američania
Drake sa tiež musel potýkať s domorodými Američanmi, ktorí žili v oblastiach, ktoré preskúmal. Domorodí Američania boli často voči Angličanom nepriateľskí a tí občas zaútočili na Drakeove lode.
4. Počasie
Drake sa musel popasovať aj s počasím. More okolo Južnej Ameriky môže byť veľmi rozbúrené a Drakeove lode často zastihli búrky.
5. choroba
Choroba bola neustálou hrozbou pre Drakea a jeho posádku. Mnohé z chorôb, ktoré boli bežné v trópoch, boli smrteľné a Drake kvôli chorobe stratil veľa mužov.
6. Vzbura
V roku 1578 sa Drakeova posádka proti nemu vzbúrila. Vzburu viedol Thomas Doughty, ktorý bol Drakeovým druhým veliteľom. Doughty bol nakoniec popravený a vzbura bola potlačená.
Napriek všetkým týmto prekážkam bol Drake schopný dokončiť svoj oboplávanie sveta. Bol zručným navigátorom a odvážnym prieskumníkom a je považovaný za jedného z najväčších moreplavcov v histórii.