Jedna teória hovorí, že balalajka bola vynájdená samotným ruským ľudom. Vychádza to zo skutočnosti, že balalajka je tradičný ruský nástroj a existujú dôkazy o jej existencii v Rusku už v 17. storočí.
Ďalšou teóriou je, že balalajka bola vynájdená skupinou ruských hudobníkov známych ako guslari. Gušlári boli potulní hudobníci, ktorí hrali na rôznych strunových nástrojoch vrátane balalajky. Verí sa, že rozšírili znalosti o balalajke po celom Rusku.
Nakoniec, niektorí ľudia veria, že balalajka mohla byť vynájdená mužom menom Vasilij Andrejev. Andrejev bol ruský hudobník a skladateľ, ktorý žil koncom 19. a začiatkom 20. storočia. Pripisuje sa mu popularizácia balalajky a jej uvedenie do povedomia sveta.
Koniec koncov, skutočný vynálezca balalajky nemusí byť nikdy známy. Tento nástroj má však dlhú a bohatú históriu a dodnes na ňom hrajú hudobníci po celom svete.