* Príroda a ekológia: Hundertwasser hlboko veril vo vzájomnú prepojenosť ľudí a prírody. Jeho umenie často zobrazovalo sviežu krajinu, stromy a zvieratá, oslavovalo krásu a krehkosť prírodného sveta.
* Architektúra: Architektúru videl ako formu umenia a veril vo vytváranie budov, ktoré hladko splývajú s prírodou, s krivkami, organickými tvarmi a množstvom zelene. Jeho obrazy často obsahovali fantastické biomorfné budovy, ktoré zdôrazňovali jeho víziu udržateľného a harmonického mestského prostredia.
* Špirály a kruhy: Tieto opakujúce sa motívy symbolizujú organický rast, životné cykly a prepojenosť všetkých vecí. Používal ich na vytvorenie pocitu pohybu a energie vo svojich umeleckých dielach.
* Farba a textúra: Hundertwasser miloval používanie jasných, žiarivých farieb a kontrastných textúr na vytváranie vizuálne stimulujúcich a pútavých kompozícií. Na vyjadrenie pocitu pohybu a života často používal výrazné ťahy a víriace vzory.
* Antigeometria a antiracionalita: Odmietol tradičné, rigidné geometrické formy a prijal krásu nepravidelnosti a spontánnosti, čo odrážalo jeho presvedčenie, že umenie by malo byť osobným a intuitívnym vyjadrením.
Okrem týchto tém Hundertwasser začlenil aj prvky filozofie, spirituality a sociálneho komentára do svojej práce, pričom sa často venuje témam ako environmentalizmus, mier a sociálna spravodlivosť.