Lepším spôsobom, ako vyčistiť flautu, je použiť mäkkú suchú handričku na odstránenie nečistôt alebo prachu. Ak sa vo vnútri flauty nahromadí vlhkosť, môžete použiť špeciálnu čistiacu tyčinku s pripevnenou mäkkou handričkou na vysušenie vnútra nástroja. Je tiež dobré nechať flautu pravidelne čistiť a opravovať profesionálnym technikom, aby sa zabezpečilo, že zostane v dobrom stave.