Tu je to, čo vieme o vyhynutí Megalodona:
* Najpravdepodobnejším dôvodom je zmena klímy: Obdobie neskorého miocénu a pliocénu zaznamenalo výrazné ochladenie a zmeny v oceánskych prúdoch. To ovplyvnilo dostupnosť Megalodonovej koristi, najmä veľrýb.
* Konkurencia iných predátorov: Nátlak na Megalodona mohol spôsobiť aj výskyt ďalších veľkých predátorov, napríklad veľkého bieleho žraloka.
* Choroba: Aj keď je to menej pravdepodobné, existuje možnosť, že k úbytku Megalodonu mohla prispieť choroba alebo parazit.
* Udalosti vplyvu: Aj keď to nie je priama príčina, niektorí vedci sa domnievajú, že pri vyhynutí Megalodona mohli zohrať úlohu veľké nárazové udalosti.
Je dôležité poznamenať, že o presných dôvodoch vyhynutia Megalodona sa medzi vedcami stále diskutuje. Kombinácia faktorov uvedených vyššie sa však všeobecne akceptuje ako najpravdepodobnejšie vysvetlenie.