Príbeh hry sa točí okolo "Eggman Empire," skupina robotov a príšer ovládaná doktorom Eggmanom. Toto impérium sa skladá z rôznych „Eggmanových prisluhovačov“, z ktorých každý má jedinečné schopnosti a vzhľad.
Zatiaľ čo niektorí z týchto prisluhovačov, ako "Egg Pawn" a "Egg Hornet," sú známe, iné sú tajomnejšie. Medzi tie, ktoré sa najčastejšie označujú ako „tajomné príšery“ patria:
* "Egg Cerberus": Trojhlavý robot podobný psovi so silnou vŕtačkou.
* "Egg Golem": Masívny, pomaly sa pohybujúci robot s veľkým kladivom.
* "Vaječný kráľ": Obrovský robot podobný trónu s výkonnými lasermi.
Toto je len niekoľko príkladov a v hre sa objavuje mnoho ďalších jedinečných a nepomenovaných robotov a príšer, ktoré pridávajú na tajomstve a intrigách.
Takže aj keď tu nie je jediné „tajomné monštrum“, kolektívna prítomnosť týchto jedinečných a zaujímavých postáv prispieva k podmanivej a tajomnej atmosfére Sonic Heroes.