* Sila lásky a priateľstva: Harryho láska k jeho priateľom, najmä Ronovi a Hermione, mu pomáha prekonávať výzvy a poraziť Voldemorta.
* Dobro vs. zlo: Kniha predstavuje jasný boj medzi silami dobra reprezentovanými Harrym a jeho priateľmi a silami zla, ktoré stelesňuje Voldemort a jeho nasledovníci.
* Dôležitosť voľby: Postavám sú neustále ponúkané možnosti, ktoré formujú ich osudy, čím sa zdôrazňuje myšlienka, že jednotlivci majú možnosť rozhodovať sa pri formovaní svojich životov.
* Čeliť strachu a prekonať nepriazeň osudu: Harry a jeho priatelia sa v priebehu príbehu stretávajú so svojimi obavami a nakoniec dokazujú, že odvaha a odolnosť dokážu prekonať aj tie najväčšie prekážky.
* Hodnota rodiny: Hoci je Harry sirota, prostredníctvom svojich priateľov a magickej komunity objavuje novú rodinu, pričom zdôrazňuje dôležitosť spolupatričnosti a podpory.
* Povaha mágie: Kniha skúma silu a potenciál mágie a zároveň varuje pred jej zneužitím a zdôrazňuje jej potenciál pre dobro aj zlo.
* Dôležitosť viery: Počas celého príbehu mu Harryho neochvejná viera v seba samého a silu dobra pomáha dosiahnuť víťazstvo, čo dokazuje dôležitosť viery a nádeje.
Témy v "Harry Potter a Kameň mudrcov" sú pretkané celým príbehom a poskytujú hlbší význam a rezonanciu mimo dobrodružstva na povrchovej úrovni. Rezonujú u čitateľov všetkých vekových kategórií a ponúkajú cenné lekcie o živote, priateľstve a sile viery.