Koniec 1:Legendárne duo (Partner:Pikachu)
* Partner: Pikachu
* Výber konečnej bitky: Prijmite ponuku stať sa novým legendárnym duom
Tento koniec ukazuje, že vy a Pikachu sa stávate novým legendárnym duom, ktorého úlohou je chrániť svet pred temnotou. Je to šťastný koniec, ale znamená to aj veľkú zodpovednosť a pokračujúci záväzok k životu záchranárskeho tímu.
Koniec 2:Cesta záchranného tímu pokračuje (Partner:Akýkoľvek iný Pokémon)
* Partner: Akýkoľvek Pokémon okrem Pikachu
* Výber konečnej bitky: Odmietnite ponuku stať sa novým legendárnym duom
Tento koniec sa zameriava na pokračujúce dobrodružstvo vášho záchranného tímu, pričom zdôrazňuje silné puto tímu a ich pokračujúcu oddanosť pomáhať druhým. Ukazuje, že vy a váš partner naďalej pomáhate Pokémonom v núdzi a spoločne spoznávate svet.
Dôležitá poznámka:
* Je dôležité poznamenať, že možnosť stať sa legendárnym duom je k dispozícii iba vtedy, keď hráte s Pikachu ako vaším partnerom.
* Zatiaľ čo každý partner má jedinečný dialóg a osobnosť, celkový príbeh a možnosti v hre zostávajú rovnaké bez ohľadu na zvoleného partnera.
Bez ohľadu na to, aký koniec dosiahnete, oba tieto konce predstavujú napĺňajúcu a zmysluplnú cestu záchranného tímu Pokémon Mystery Dungeon Rescue, pričom zdôrazňujú témy priateľstva, tímovej práce a sebaobetovania.