Funguje to takto:
1. Začiatok: Hru začínate zodpovedaním otázok o vašej osobnosti. To pomáha hre určiť, ktorý Pokémon vám najviac vyhovuje.
2. Partnerský Pokémon: Na základe vašich odpovedí vám hra vyberie partnerského Pokémona.
3. Pokémon na začiatku: Potom si vyberiete svojho vlastného štartovacieho Pokémona z troch možností:Charmander, Squirtle alebo Bulbasaur.
Takže, aby ste sa stali Charmanderom v Pokémon Mystery Dungeon, nemusíte odpovedať na žiadne konkrétne otázky. Keď máte túto možnosť, musíte si vybrať Charmander.