Technické problémy:
* Zle optimalizované: Hra bola prešpikovaná poklesmi snímkovej frekvencie, poruchami a spomaleniami, najmä na PlayStation 3. To spôsobilo, že aj základná hra bola neohrabaná a frustrujúca.
* Vzhľad úrovne: Mnohé úrovne sa opakovali, neboli inšpirované a mätúce. Uhly kamery často bránili hraniu a sťažovali navigáciu.
* Chyby: Sonic 06 bol sužovaný mnohými chybami, od nepriateľov prechádzajúcich cez steny až po modely postáv, ktoré sa predierajú prostredím. To spôsobilo neuveriteľne nestabilný a zlomený zážitok.
Problémy s hrou:
* Nereagujúce ovládacie prvky: Ovládanie Sonic, Shadow a Silver bolo nepohodlné, s nekonzistentnou fyzikou a šmykľavým pohybom.
* Vzhľad úrovne: Úrovniam často chýbala rozmanitosť, opakujúce sa prostredia a neinšpirované triky. To viedlo k monotónnemu a nepútavému zážitku.
* Ťažké súboje s bossmi: Mnohé bitky s bossmi boli frustrujúco nespravodlivé, s nejasnými vzormi útokov a lacnou taktikou.
Problémy s príbehom:
* Mätúce a spletité: Príbeh bol zamotaný chaos, s mätúcimi zápletkami, rozporuplnými motiváciami postáv a nezmyselným koncom.
* Slabý vývoj postavy: Postavy, najmä Shadow a Silver, boli zle napísané a chýbala im hĺbka. Ich interakcie boli nútené a nemali emocionálnu váhu.
* Nútená romantika: Predstavenie Elise, ľudskej princeznej, bolo rušivým prírastkom do univerza Sonic a zdalo sa, že je nútené a zbytočné.
Ďalšie faktory:
* Uspěchaný vývoj: Hra bola narýchlo dodržaná, aby stihla prázdninový termín, čo viedlo k vysoko nedokončenému produktu.
* Zlý marketing: Sonic 06 bol pred vydaním značne propagovaný, čo nakoniec viedlo k sklamaniu medzi fanúšikmi kvôli nízkej kvalite hry.
Sonic 06 celkovo nesplnil svoj prísľub sviežiho a inovatívneho zážitku zo Sonic. Jej technické problémy, herné nedostatky a spletitý príbeh vytvorili frustrujúcu a sklamanú hru, ktorá je všeobecne považovaná za slabinu tejto série.
Je dôležité poznamenať, že niektorí fanúšikovia môžu mať na hru iný názor a možno nájsť potešenie z jej nedostatkov. Jeho celkový príjem a kritické recenzie sú však prevažne negatívne.