Existujú dve hlavné komory:
* Tiňová komora: Tu sa prvýkrát stretnete s Shadow Pokémonom. Musíte s nimi bojovať, aby ste ich očistili.
* Komnata temnoty: Toto je posledná miestnosť, v ktorej čelíte poslednému bossovi, vodcovi Shadow Pokémona. Je prístupný po dokončení určitých úloh a vyčistení niekoľkých Shadow Pokémonov.
Presná poloha v rámci zariadenia Shadow Pokémon nie je v hre špecifikovaná, ale zvyčajne sa nachádza hlbšie v zariadení, keď prejdete príbehom.