Tu je dôvod:
* Rôzne generácie: Pokémon Crystal je hra generácie II (vydaná v roku 2000), zatiaľ čo Pokémon Ruby je hra generácie III (vydaná v roku 2002).
* Nekompatibilné obchodné systémy: Systémy obchodovania medzi týmito dvoma generáciami sú zásadne odlišné. Na ukladanie a prenos Pokémonov používajú rôzne komunikačné protokoly a dátové štruktúry.
Priame obchodovanie medzi Pokémon Crystal a Pokémon Ruby preto nie je možné.