Dej filmu sa zameriava na objavenie archy, skrytej vesmírnej lode obsahujúcej mocnú zbraň, a následný boj proti Deceptikonom. Ľudské postavy sú väčšinou zamerané na Sama Witwickyho (Shia LaBeouf) a jeho novú priateľku Carly Spencer (Rosie Huntington-Whiteley).
Zatiaľ čo oficiálny dôvod neprítomnosti Megan Fox nebol verejne uvedený, všeobecne sa verí, že jej odchod bol spôsobený kreatívnymi rozdielmi s režisérom Michaelom Bayom. Počas výroby Transformers:Revenge of the Fallen (2009) údajne medzi Foxom a Bayom panovalo napätie.
Napriek jej neprítomnosti sa osud Mikaely vo filme vyslovene nerieši. Naznačuje sa, že ona a Sam sa rozišli.