Niektorých Pokémonov je však ťažšie nájsť alebo si vyžadujú špecifické podmienky, takže ich získanie je náročnejšie. Tu je niekoľko príkladov:
* Legendárny Pokémon: Rayquaza je hlavným zameraním príbehu a je jediným legendárnym Pokémonom dostupným v hre. Aj keď to nie je technicky "vzácne", pokiaľ ide o to, že sa dá získať, určite je ťažké ho chytiť.
* Tieňový pokémon: Ide o špeciálne verzie existujúcich Pokémonov s jedinečnými schopnosťami a vzhľadom. Niektorí tieňoví Pokémoni, ako napríklad Shadow Lugia alebo Shadow Mewtwo, sú k dispozícii iba prostredníctvom konkrétnych udalostí alebo obchodovaním.
* Pokémon vyžadujúci špecifické podmienky: Niektorí Pokémoni, ako napríklad Eeveelutions, sa môžu objaviť iba za určitých okolností, napríklad v určitých časoch dňa alebo na konkrétnych miestach.
V konečnom dôsledku „vzácnosť“ Pokémona v XD:Gale of Darkness závisí od vašej definície a toho, čo považujete za náročné získať.