V celej knihe sa na pôde Rokfortu vyskytujú záhadné skamenenia študentov narodených muklov, ktorí ich zanechávajú zmrazené ako kamenné sochy. Harry sa spolu so svojimi najlepšími priateľmi Ronom Weasleym a Hermionou Grangerovou vydáva vyriešiť záhadu týchto útokov a zabrániť ďalšiemu ubližovaniu svojich spolužiakov.
Stopa vedie Harryho a jeho priateľov k rôznym výzvam a objavom, vrátane lúštenia hádaniek a čelia magickým prekážkam a pasciam, keď pretekajú s časom, aby vyriešili záhadu Tajomnej komnaty. Nakoniec sa Harry postaví dedičovi Slizolinu a stvoreniu ukrytému v Komnate, čo vedie ku konečnej vzrušujúcej konfrontácii uprostred nebezpečných magických nebezpečenstiev.