Arsenal Gear je obrovská ponorka vyzbrojená jadrovými zbraňami. Ovláda ho Solidus Snake, vodca teroristickej organizácie Sons of Liberty. Raiden, postava hráča, musí infiltrovať Arsenal Gear a zastaviť Solidusa v používaní jadrových zbraní.
Bitka so Solidusom je napínavý a náročný boj. Solidus je silný protivník a na porazenie Raidena používa rôzne zbrane a techniky. Raiden musí použiť všetky svoje zručnosti a schopnosti, aby porazil Solidusa a zachránil svet.
Zničenie Arsenal Gear a záverečná bitka so Solidus Snake je nezabudnuteľným momentom, pretože ide o zlomový bod v hre. Je to bod, v ktorom Raiden konečne porazí svojich nepriateľov a zachráni svet. Je to aj moment veľkej katarzie, keď sa Raiden konečne pomstí za smrť svojich rodičov.