1. Útok dementora: Kniha sa začína tým, že Harry je napadnutý dementormi, keď je na ceste do domu svojho muklovského bratranca Dudleyho. Na boj s dementormi používa kúzlo Patronus, ale jeho nezákonné používanie mágie mimo Rokfortu vedie k jeho vyhosteniu.
2. Fénixov rád: Sirius Black, Harryho krstný otec, ho informuje, že Ministerstvo mágie sa snaží potlačiť správy o Voldemortovom návrate. Aby tomu zabránil, Dumbledore vytvorí Fénixov rád, tajnú organizáciu, ktorá sa venuje boju proti Voldemortovi a jeho nasledovníkom.
3. Propaganda ministerstva: Ministerstvo zdiskredituje Harryho správu o Voldemortovom návrate a označí ho za klamára a hľadača pozornosti. The Daily Prophet, čarodejnícke noviny, publikujú negatívne články o Harrym, čím ďalej kazia jeho povesť.
4. Obrana proti čiernej mágii: Dolores Umbridge, vysoká úradníčka z ministerstva, je vymenovaná za novú profesorku Obrany proti čiernej mágii na Rokforte. Odmieta učiť študentov praktické obranné kúzla, tvrdí, že teoretické vedomosti sú dostatočné.
5. Študentské povstanie: Frustrovaní Umbridgeovej metódami a neochotou ministerstva akceptovať pravdu o Voldemortovi, Harry, Hermiona Grangerová a Ron Weasley vytvárajú podzemnú študentskú organizáciu s názvom Dumbledorova armáda. Stretávajú sa tajne, aby sa naučili správnu obranu proti čiernej mágii.
6. Odhalené proroctvo: Harry sa z proroctva ukrytého v Oddelení záhad dozvie, že buď on alebo Voldemort musia zabiť toho druhého, aby prežili. Ich osudy sú neoddeliteľne spojené.
7. Bitka na oddelení záhad: Voldemort láka Harryho a jeho priateľov na Oddelenie záhad, hľadajúc proroctvo, o ktorom verí, že mu zaručí nesmrteľnosť. Medzi Dumbledorovou armádou a smrťožrútmi, Voldemortovými prívržencami, nastáva napätá bitka. Sirius Black zomiera počas konfliktu a ničí Harryho.
8. Odhalená pravda: Harry je oslobodený po tom, čo je Ministerstvo mágie svedkom Voldemortovho návratu. Dumbledore potvrdzuje, že Voldemort sa pokúsil vlastniť Harryho ako dieťa, ale nepodarilo sa mu to.
9. Aftermath a cliffhanger: Kniha končí, keď je čarodejnícky svet vo vysokej pohotovosti s vedomím, že významná bitka proti Voldemortovi a jeho silám je nevyhnutná.
„Harry Potter a Fénixov rád“ skúma témy priateľstva, odvahy a dôležitosti boja za to, čo je správne, uprostred vrcholnej bitky, ktorá mení priebeh série.