Akt zmiznutia sa pripisuje objaveniu sa záhadnej tieňovej postavy známej ako „Darkrai“, o ktorej sa predpokladá, že je zodpovedná za miznúceho Pokémona. Skutočná príčina zmiznutia však zostáva záhadou a Pokémon Rangers majú za úlohu vyšetriť a odhaliť pravdu za touto mimoriadnou udalosťou.